כשפרצה מלחמת ששת הימים, הכריז הרבי על מבצע תפילין, והורה לחסידים לצאת לרחובות על מנת לזַ כּוֹת יהודים במצוות תפילין, ובמיוחד לזַ כּוֹת במצוה זו את חיילי צבא הגנה לישראל שמגנים בגופם על עם ישראל ועל ארץ ישראל.
הרבי נימק והסביר את המבצע הזה משתי סיבות. ראשית, הרבי ציטט את דברי הגמרא במסכת מנחות (מד, א): "כל המניח תפילין מאריך ימים". ההבטחה של אריכות ימים היא מצרך מבוקש ביותר בפרט בזמן מלחמה. שנית, והוא העיקר, הרבי ציטט את דברי הגמרא במסכת ברכות (ו, א): "וראו כל עמי הארץ כי שם ה' נקרא עליך ויראו ממך... אלו תפילין שבראש". כלומר, שהנחת תפילין יש לה סגולה מיוחדת ובכוחה להפיל פחד ומורא על האוייב. כל עם ישראל הוא עם אחד – אמר הרבי – ולפיכך כאשר יהודי בארה"ב מניח תפילין הרי שזה מפיל פחד על האויבים בקצה השני של העולם שלא יעזו להתנכל ליהודים שם עד שבני ישראל ינצחו במלחמה ('תורת מנחם' תשכ"ז כרך ב עמ' 429.(
באותה מלחמה כבשו את הר הבית, הכותל המערבי ואת כל ירושלים העתיקה (השחרור הזה התחולל אחרי 18 שנה שהמקום היה תחת שלטון ירדן ושום יהודי לא יכל להגיע למקום הקדוש הזה). אלפי יהודים באו לכותל בכל יום במשך חודשים ארוכים. כולם רצו לגעת באבני הכותל וההתעוררות בקרב כל העם היהודי היתה בשיאה. חסידי חב"ד העמידו במקום דוכן להנחת תפילין ואלפי יהודים הניחו תפילין.
אריאל שרון שהתפרסם אז כגיבור לאומי בזכות הקרבות שלו במלחמה, הגיע לביקור בכותל המערבי ימים ספורים אחרי תום המלחמה ויחד עמו הגיעו קצינים ואורחים מחו"ל. חסיד חב"ד ניגש אליו והציע לו להניח תפילין והוא נעתר לכך. אריאל שרון הניח תפילין וכל הקהל מסביב הצטרף אליו לקריאת שמע אדירה. תמונתו של שרון עטור בתפילין ליד הכותל התפרסמה בכל העולם ועוררה התרגשות גדולה. יהודים רבים בכל קצווי תבל התעוררו להניח תפילין.
מצוות תפילין היא מצוה מיוחדת וחשובה ביותר. על המצוה הזאת כתוב ש"הוקשה כל התורה כולה לתפילין" (קידושין לה, א). אבל יתרה מזו: בפרשת השבוע אנחנו לומדים שמצות תפילין ניתנה לעם ישראל עוד בהיותם במצרים. פרשת בא מסתיימת בפסוק "והיה לאות על ידכה ולטוטפות בין עיניך כי בחוזק יד הוציאנו ה' ממצרים" (שמות יג, טז).
הרבי שואל שלכאורה אין זה מובן: הלא במצרים ניתנו כמה מצוות ספורות בלבד; מצות קרבן פסח למשל – ניתן להבין מדוע היא ניתנה בהיותם במצרים משום שהקרבן הזה היה העבודה זרה של מצרים וכדי שהם יהיו ראויים לצאת משם הוטל עליהם לשחוט את האליל המקומי. כמו-כן מצות פדיון הבן ניתנה להם במצרים כי בזכותה ניצלו הבכורים היהודים ממכת בכורות. אבל מה היה כל-כך קריטי להורות את מצות תפילין דווקא במצרים עוד לפני מתן תורה ואפילו לפני מצות שבת?
הרבי מסביר שיציאת מצרים היתה ההתחלה ופתיחת הצינור של כל הגאולות שיבואו לאחר מכן. כדי לזכות לגאולה הזאת היה צורך במצות תפילין שתפיל פחד ומורא על האויבים, ועד למצב שהם ישתפו פעולה כמו שיהיה בימות המשיח ('שיחות קודש' תשכ"ט כרך א עמ' 307.( מבצע תפילין התחזק והתרחב יותר במלחמת יום הכיפורים. הרב ישראל לאו מספר (בספרו 'אל תשלח ידך' עמ' 240 ,(שבימי המלחמה הוא נהג לבקר את החיילים הפצועים ששכבו בבית הרפואה איכילוב בתל אביב. יום אחד בעוד הוא מבקר במחלקת עיניים, ניגשה אליו אשה מבוגרת ואמרה לו שהבן שלה צריך לדבר אתו. הוא נכנס לחדרו ועל המיטה שכב בחור שכל ראשו חבוש ומבין התחבושות מבצבצים אפו, פיו וחלק קטן משתי עיניו. כל גופו היה מכוסה בסדין והפצוע הבחין בו עומד ליד אמו. הפצוע התעניין האם זהו הרב ואז הוא שאל מה השעה. למשמע השאלה התמוהה, סבר הרב שהבחור עדיין לא חזר לעצמו, אך השיב לו שהשעה 12 . הפצוע חקר האם כעת 12 בצהרים או 12 בלילה. וכאשר השיבו לו שהשעה 12 בצהרים, התעניין הפצוע האם מישהו שלא הניח תפילין עד השעה הזאת יכול להניחן עכשיו. הרב השיב לו שניתן להניח תפילין במשך כל שעות היום.
הבחור הפצוע עדיין לא בא על סיפוקו והמשיך להתעניין: אם אי אפשר להניח תפילין על הראש בגלל התחבושת, אפשר להניח על היד בלבד? זו שאלה מצוינת, האם תפילין של יד ותפילין של ראש מעכבות זו את זו. הרב לאו השיב לבחור השוכב מולו שאפשר להניח רק תפילין של יד, גם בלי להניח תפילין של ראש.
למשמע התשובה, שלף הפצוע את ידו השמאלית וביקש להניח לו את התפילין. הרב הניח עמו תפילין של יד, קרא אתו "שמע ישראל" ותוך כדי הקראת הפסוקים הפצוע נרדם. הרב הוריד בעדינות רבה את התפילין מידו ויצא מהחדר.
במרוצת הזמן הרב התיידד עם הבחור הזה, וכאשר הלה החלים מעט, התעניין הרב מדוע היה חשוב לו להניח תפילין באותה שעה קשה. הפצוע סיפר שבערב שמחת תורה הוא ישב עם קצינים נוספים בקומנדקר ליד התעלה, ובעודם יושבים נעצרה לידם משאית שעליה מורכבת סוכה. שני חב"דניקים קפצו מהמשאית והזמינו את הקצינים לבוא לסוכה לשתות 'לחיים' ולאכול עוגה בסוכה וכן לברך על הלולב.
הקצינים ניסו להתחמק מכך. הם הסבירו שאפילו באזרחות הם לא מקפידים על הלכות סוכה ובוודאי שלא עכשיו כאשר מתנהלת מלחמה רצינית. אך החב"דניק לא הרפה מהם וניסה לשכנעם: "מה אכפת לכם, ממילא אתם לא עושים פה עכשיו שום דבר משמעותי. תעלו למשאית, הכל ביחד יקח לכם עשר דקות בלבד" דחק בהם.
הקצינים הסתכלו זה על זה, והחליטו לבסוף להיענות להזמנה ועלו על המשאית. הם התכבדו בפרוסת עוגה ובכוס יין והתכוננו לברך על הלולב. לפתע נשמע קול רעש אדיר ומחריש אוזניים, כולם השתטחו על רצפת המשאית. כשהם הביטו החוצה – הם גילו שהקומנדקר שלהם – בו הם ישבו לפני דקה – התרסק מפגיעה ישירה עד שלא נותר ממנו שריד.
כאשר השתרר שקט מסביב, אמר הקצין לאחד החב"דניקים: "אתם בטח קוראים למה שהתרחש כאן עכשיו – נס". החב"דניק השיב לו בשאלה: "ואיך אתה היית קורא לזה?" הקצין שחש כי קיבל את חייו במתנה בזכות הסוכה והלולב קרא בקול: "אני מרגיש שאני חייב לו משהו בתמורה לחיי" והחווה באצבעו כלפי מעלה. "חיי ניצלו משום שהתעקשת שנעלה למשאית ולברך על הסוכה ועל הלולב".
החב"דניק הציע לקצין לקבל על עצמו להניח תפילין והוא אכן קיבל על עצמו. הקצין ביקש לממש את הבטחתו מיד וביקש להניח תפילין במקום. החב"דניק הסביר לו שהדבר בלתי אפשרי משום שבחול המועד סוכות אין מניחים תפילין. הקצין הביע את דאגתו באומרו שאינו יודע היכן הוא יהיה ושאין לו בכלל תפילין. החב"דניק ביקש את שמו ואת מספר היחידה שלו והבטיח שבתום החג הוא ישלח לו תפילין. ואכן כך היה, התפילין הגיעו אליו והוא קיבל על עצמו להניחן מדי יום ביומו.
תקופה קצרה לאחר מכן, בהיותו בפאיד שעל אדמת מצרים הוא נפגע בעמוד השדרה ופונה במסוק לבית הרפואה שבתל אביב. משפקח את עיניו, הדבר הראשון שהטריד אותו היה שעדיין לא קיים את מצות תפילין.
באחת משיחותיו מסביר הרבי שתפילין של ראש מסמלים את הקב"ה שהוא ה"ראש" של עם ישראל. תפילין של יד מסמלים את עם ישראל. אנחנו הידיים והרגליים של הקב"ה. הוא מצווה עלינו מה לעשות בעולם הזה ואנחנו מבצעים את זה בפועל ממש. כשמניחים תפילין על היד ועל הראש – אנו מחברים את עם ישראל אל הקב"ה ('שיחות קודש' תשכ"ט כרך א עמ' 313.).
רבותיי, לאותו חייל פצוע התאפשר להניח תפילין אך ורק על היד שלו. אבל אנחנו ב"ה בריאים ושלמים, בואו ונקשר את ידינו וראשינו, את עם ישראל עם הקב"ה. מי שעדיין לא מניח תפילין – שיתחיל להניח, ומי שכבר מניח – שירכוש זוג תפילין לחבר שעדיין לא זכה להניח. גם נשים יכולות להשתתף במצוה הזאת, כשהן ירכשו תפילין לבעליהן ויעודדו אותם להניח תפילין, ואז המצוה הזאת תיזקף לזכותן.