עם קום מדינת ישראל וייסוד כנסת ישראל צידד הרב נאה בתומכים בבחירות אולם הסתייג מאוד מהיושבים בכנסת באומרו:
מי שרוצה ללכת שילך לכנסת אבל אני לא הולך לשבת עם נשים ולא עם ציונים ואפיקורסים ואם לא ילכו לכנסת יהיו דברים גרועים יותר לכן צריך להציל מה שאפשר.כזו היתה עמדתו של רבו הרבי מליובאוויטש בכל השנים, שהורה להצביע עבור המפלגה שתפעל בצורה הטובה ביותר למען התורה והיהדות.
עמדתו הברורה של הגר"ח נאה כי יש להצביע בבחירות הכעיסה את אנשי הנטורי קרתא' שראו בו עד היום כאחד משלהם בהיותו חלק בלתי נפרד מהעדה החרדית, והם כדרכם החלו מפרסמים נגדו כרוזי שיטנה בהם ביזו והשפילו אותו על כך שתומך בכנסת. הללו היו כפויי טובה לאחר מה שעשה הרב נאה עבור הכלל כל השנים בתקופה ההיא.
היו בשטיבלאך של מאה שערים ויכוחים נוקבים על המדינה החדשה הויכוחים היו מתלהטים כאשר היה קרב יום העצמאות. והאלימות המילולית והפיזית היו נגרמים במיוחד כאשר הדיונים נסבו סביב אמירת תחנון מחד ואמירת הלל מאידך ביום העצמאות.
באחת השנים הראשונות לקום המדינה הרב נאה התפלל ביום העצמאות לפני העמוד במהלך התפילה ניגשו אליו מתפללים ולחשו באוזנו, ר' חיים היום תגיד הלל, אחרים הודיעו לו תגיד תחנון, והיו שדרשו לא לומר את שניהם, ואחרים תבעו לומר את שניהם.
הרב נאה התפלל כדרכו בכל יום וכשהגיע לשים שלום הוא סיים את התפילה במנגינה המיוחדת להלל, על פניהם של הציונים שבמתפללים התפשט חיוך רחב, שנעלם מהר מאוד לאחר שסיים הרב נאה את ברכת שים שלום, והחל לומר בקול אשמנו בגדנו...
בסופו של דבר חייכו כל המתפללים במניין.
קשרים
- לפני שנים מישהו שאל אותי למה אני לא אומר הלל בה' אייר, ועניתי לו כי אני נוהג כמנהג בן גוריון שאף הוא לא אמר הלל... החיוך שעלה על פניו היה מספיק לו להבין שיש הבדלים וכו', וכך מנהגנו, וזהו. (הרב חיים גרייסמן, סטוקהולם)