ר' זלמן משה היצחקי תבע מתלמידיו עבודה פנימית, והביט על עניינים רוחניים ממבט של פנימיות ותשובה. כך לדוגמה, תיאר ר' מענדל פוטרפס, שיחה שניהל ר' זלמן משה עם חתנו, המשפיע הרה"ח ר' אברהם מאיור ע"ה, בראש השנה טרם התקיעות.
ר' אברהם ציטט מדבריהם של רבותינו נשיאינו, כי בעת התקיעות נמשך אור חדש, שלא נודע כדוגמתו מעת בריאת העולם. ר' זלמן משה אישר את דבריו, אולם טען, כי עיקר מעלתה של עת זו, טרם התקיעות, הינו בסגולתה הנפלאה לשוב בתשובה שלמה על מחשבה, דיבור ומעשה.
כך גם, כאשר שמע ר' זלמן משה את תלמידו, הרה"ח ר' ישראל יצחק יפה ע"ה, מתפלל: "ורוח קודשך אל תיקח ממנו", הפטיר בחריפותו השנונה: "כלום רוח הקודש חסרה לך?" כלומר: הלוא נדרשת עבודה!