תפילתו של ר' זלמן משה היצחקי ארכה שעות ארוכות, והתנהלה בחיות ובעבודה פנימית תוך שמתמוגג בדמעותיו. הרב כהן סיפר על כך:
"תפילתו הנפלאה נמשכה אף לאחר שיתוקו הפיזי, וכל מילה בה הובנה.
"פעם, נכנסתי לביתו בשעות אחר הצהריים, ומצאתיו עטור בטלית ובתפילין, אוחז באמירת "שיר של יום". תמהתי על תפילתו המאוחרת, אולם התבררה לי האמת מייד: הוא התפלל בבוקר, למרות מצבו הפיזי הנורא, אך בהגיעו ל"שיר של יום" התקשה להמשיך בתפילתו, ולכן חלץ את הטלית ואת התפילין. אחר הצהריים, כשהוקל לו, הניחם שוב, כדי לסיים את התפילה".