ברי הפלוגתא של הרב נאה בעניין השיעורים, היו החזון-איש ו"הסטייפלר". הרב נאה סבל מאוד מהתקפותיהם עליו, והרבי הריי"ץ עודדו במסר מעניין במיוחד, שעבר אצל רבותינו נשיאינו מדור לדור:
רשום אצלי אשר באחד מביקורי הוד כ"ק אאמו"ר הרה"ק זצוקללה"ה נבג"מ זי"ע בשנת תרנ"ה, בעת למדי אצל מלמדי החסיד הרשב"ץ נ"ע, הואיל לכבדני באחד הסיפורי קדש אשר הואיל הוד כ"ק אביו אאזמו"ר הרה"ק מוהר"ש לספר לו מאחד הביקורים אשר ביקר הוד כ"ק אביו הרה"ק הצמח צדק בעת למדו בחדר ויספר את אשר זכה לשמוע בצוותא עם הוד כ"ק דודו וחמיו אדמו"ר האמצעי מאת הוד כ"ק רבנו אדמו"ר הזקן, ההבדל בין דרכי הלימוד של חסיד למתנגד.
שניהם לומדים בעיון, ושניהם מחפשים את הטעות ומייגעים עצמם לתקנו רק ההבדל ביניהם - החסידים יודעים שהאמור בספר הוא טוב ואמת, והטעות הוא בעצמו ובדעתו, והמתנגד מוכיח כי ידיעתו ופלפולו הוא האמת והטעות הוא בהספר, וזהו יסוד ברכת התורה תחלה ברכת הבחירה בנשמות ישראל ואחר כך ברכת נתינת התורה ומצוה לנשמות ישראל. ואז בעזרתו יתברך מוצאים את הטעות ומתקנים אותו.
בשנת תשי"ב, פרסם הרב נאה את איגרתו של הרבי הריי"ץ ב"ביטאון חב"ד", וזו עוררה הדים רבים. אחד הקוראים שיגר תמיהה אל כ"ק אדמו"ר נשיא דורנו, אודות הקביעה כי גדולי המתנגדים שגו בשיטת לימודם, ונענה באיגרת מפורטת.