נושאים הלכתיים רבים ביאר הרה"ג ר' אברהם חיים נאה בספריו, אולם את שמו בעולם היהודי קנה הודות ל"שיעוריו" התורניים. הוא קבע את שיעורי המצוות מדאורייתא ומדרבנן, על-פי המידות הנהוגות בימינו: סנטימטר, מיליליטר וכדומה. פסיקותיו זכו לתמיכתם של רבותינו נשיאינו ויתר גדולי ישראל.
הרב נאה קבע, כי אמה הינה ארבעים ושמונה סנטימטרים. לפיכך, איסור הוצאה בשבת חל אף על שטח זעיר ביותר, וכן גובהה המקסימאלי של החנוכייה הינו נמוך בשני מטרים, לעומת שיטתם של החולקים עליו.
הרב נאה פסק, כי רביעית הינה שמונים ושישה ורבע מיליגרמים. הרה"ח ר' בערל בוימגרטן ע"ה סיפר, כי לאחר השואה, לקראת חג הפסח, נצטווה על-ידי הרבי הריי"ץ לשגר יין לחסידים במחנות הפליטים בגרמניה, ולהתאים את השיעור לשיטתו של הרב נאה, "אז ער איז דאך אונזער פוסק אחרון" (שהרי הוא הפוסק האחרון שלנו).
הרב נאה הצדיק את מנהגם של בני ירושלים, להפריש חלה בברכה, אף מעיסה בת שבע אוקיות ירושלמיות בלבד.
קפידה מיוחדת הייתה לרב נאה על שיעורים בתפילין ובטליתות. הוא נשא בכיסו כלי מדידה ומדד תדיר את ציציותיהם ואת כנפות טליתותיהם של המתפללים בבית הכנסת. על התמיהה, היכן מצינו שיסתובב תלמיד חכם עם כלי מדידה בידו, השיב בספרו "שיעורי ציון":
ויש לומר ששמאי הזקן שהחזיק אמת הבניין בידו, כגמרא (שבת לא עמוד א), הייתה לתיקון הציבור, וכל מי שרצה לדעת אמת מקווה, אמת מבוי וכו', היה שמאי הזקן מלמדו השיעור על-ידי אמת הבניין שבידו.
הרה"ח ר' יואל כהן מספר:
"בשנת תש"י, נשאל הרבי אודות שיעורה של טלית-קטן, והשיב: "ישנה הטלית-קטן של כ"ק מורי וחמי אדמו"ר וניתן למודדה, כי שיעורה קטן מהשיעורים הגדולים. אומנם, בדרך כלל יש לסמוך על שיעורו של ר' חיים נאה. כ"ק מורי וחמי אדמו"ר אחז מדרך לימודו". הרבי אף שלל את שיעורו של ה"חזון-איש".
הרב נאה ניצל את ספרו "שיעורי מקווה" להבהרת חשיבות הטבילה מדי יום, ובספרו "קצות השולחן" האריך בביאור ההיתר לטבול אף בשבת.