בימים ההם טרם נודע שמו של רבי נתן שפירא, שהתפרסם לאחר מכן בזכות חיבורו 'מגלה עמוקות'. הוא היה אברך כבן שלושים, שחייו היו קודש ללימוד התורה ולעבודת-ה'. אולם השתדל להסתיר את קדושתו מעיני הבריות ואף הזהיר את רעייתו לבל תגלה דבר ממעשיו.
יום אחד לא הצליחה האישה, בתו של אחד מנכבדי העיר קראקא, להתאפק וסיפרה לאחיותיה על סגולותיו המיוחדות של בעלה: "יודעות אתן? בעלי עורך בכל לילה תיקון חצות ומלאכים באים לשמוע את תפילתו. הוא אף הזהירני, שדלת חדרו תהיה אז סגורה ומסוגרת ושאיש לא ייכנס פנימה, משום שיש סכנה בדבר"...
האחיות סיפרו זאת לבעליהן, ואלה קיבלו את הדברים בחיוך של ביטול. יום אחד החליטו להוכיח כי אין ממש באזהרתו המוזרה של גיסם. באותו לילה, בעת שרבי נתן הלך כדרכו לטבול במימי הנהר, חמקו הגיסים אל תוך חדרו והסתתרו מתחת למיטה.
רבי נתן שב מן הנהר, נכנס לחדרו והחל בעריכת תיקון חצות, בלא שחש בנוכחות הגיסים המתחבאים. כשסיים לקונן על חורבן המקדש, התיישב אל השולחן ללימוד תורה.
למחרת בבוקר היה השבר גדול מנשוא. הגיסים שזלזלו באזהרתו של רבי נתן, נתגלו מתחת למיטה בלא רוח-חיים...
רבי נתן הזדעזע עד עומק נפשו מן האסון. הוא החליט לדון את עצמו כהורג נפשות בשגגה ולצאת לגלות ארוכה וממושכת. את אשתו השביע שלא לגלות להיכן נעלם. "כמה זמן תארך גלותך?", שאלה הרעיה.
"עד שיודיעו לי מן השמים כי נתכפר עווני", השיב.
כשנודע לחמיו דבר היעלמותו המסתורית, עלתה זעקתו עד השמים. זה עתה איבד את שני חתניו והנה גם חתנו השלישי נעלם. הוא ניסה לחקור את בתו ולדלות מפיה פרטים שיסייעו לו לאתר את החתן האובד, אולם היא עשתה את עצמה כאינה יודעת מאומה.
בצר לו שיגר מכתבים אל רבני ישראל בערים השונות. הוא תיאר את מראה חתנו וביקש כל מידע וסיוע באיתורו.
בינתיים הרחיק רבי נתן נדוד. הוא הצטרף לקבוצת עניים שחיזרו על פתחי בתי ישראל. בלילות לן בבתי ה'הקדש'. בגדיו התרפטו וכל מראהו אמר עוני ועליבות.
ערב חג הסוכות הגיעה חבורת העניים ללובלין. רבי נתן, שמאז יצא לגלותו לא נענה להזמנה להתארח בבית כלשהו, ניאות לכך הפעם. זאת, כדי שיוכל לברך בבוקר על אתרוגו של בעל-הבית. נתמזל מזלו להיות אורחו של אחד מעשירי העיר.
כשחזרו רבי נתן ומארחו מהתפילה ונכנסו לסוכה המפוארת, גאו רגשותיו של רבי נתן, עד ששכח לרגע את עניין גלותו. בקול ובדבקות החל לזמר "עולו אושפיזין עילאין". המארח עקב אחר תנועותיו והגיע למסקנה כי האיש שלפניו איננו אדם רגיל.
אולם מיד התעשת רבי נתן. במשך הסעודה חתם את פיו כדג. לא הועילו הפצרותיו של המארח כי יאמר דבר-תורה כלשהו. הוא השתדל ככל יכולתו לשמור על אלמוניותו. אף-על-פי-כן, צורת אכילתו וכל התנהגותו חיזקו בליבו של בעל-הבית את השערתו בדבר גדולת אורחו.
בתום הסעודה ביקש רבי נתן רשות מהמארח להישאר בסוכה, וזה הסכים. מאחר שסמך על אורחו, לא טרח להכניס הביתה את כלי-הכסף המפוארים שנותרו על השולחן בסוכה.
רבי נתן שקע מהר בספר קבלה שהביא עמו, וברוב התעמקותו לא חש כלל בנעשה סביבו. כך גם לא הרגיש בגנב שחדר לסוכה והחל להעמיס את הכלים היקרים אל תוך שקו...
כשחזר בעל-הבית לסוכה, נדהם לראותה ריקה מכלי-הכסף היקרים. חשדו נפל מיד על האורח ה'מתחזה', שהעלים את הכלים וחזר לסוכה כשהוא עושה עצמו שקוע בלימוד. הוא הרים קול צעקה והזעיק למקום את כל השכנים.
כל הצעקות ואפילו המכות שספג רבי נתן, לא הביאוהו להודות במעשה שלא עשה. כאשר כל אלה לא הועילו, הובל אל בית ה'הקדש' ונכלא שם, "עד שיודה".
בליבו של רבי נתן הייתה רק דאגה אחת - מניין ישיג ארבעה מינים. מוכה ומושפל התייצב בפתח חלון ה'הקדש', כשהוא מתחנן לפני העוברים והשבים להביא לו את ארבעת המינים. הללו גיחכו, כמובן, נוכח הגנב שנפשו חשקה לפתע במצוות...
כשהגיע רבה של לובלין לתפילת יום-טוב בבית-הכנסת, שמע על המעשה וביקש לשוחח עם הגנב. הוא העיף בו מבט ומיד זיהה בו את האיש שחמיו תיארו במכתב. הוא ציווה להכניסו לחדר צדדי ותבע ממנו לגלות לפניו את זהותו.
רבי נתן נאלץ להודות כי אמנם הוא החתן האובד. הוא גם סיפר לרב את סיבת צאתו לגלות. מיד יצא הרב מן החדר והודיע כי חקר את האורח וכי ברור לו שאין הוא הגנב.
בצאת החג הודיע רבי נתן לרבה של לובלין, כי המקרה שאילצו לחשוף את זהותו היא משום סימן מן השמים לגביו כי נמחל עוונו, ועל-כן החליט לחזור לקראקא עירו. הרב החליט ללוותו לביתו.
בדרך נודע להם כי רבה של קראקא נפטר. רבה של לובלין יעץ לבני העיר להעלות את רבי נתן על כיסא הרבנות, ואמנם כך היה. בגיל שלושים ואחת נתמנה רבי נתן שפירא לרבה של קראקא המעטירה.