בשנת תרפ"ז (1927) אסרו אותו השלטונות הקומוניסטים בעוון הפצת יהדות ברוסיה. הרבי הריי"ץ מתאר ברשימותיו מכלי ראשון את אשר עבר עליו באותו מאסר. הוא מספר על הלילה הראשון, איך הובילו אותו במסדרונות, צעקו עליו, היכו את גופו והפחידו אותו. השומרים ניסו לשבור את רוחו, ותיארו בפניו כיצד עומדים ליטול את חייו, ה' ישמור. ואז הוא מספר כיצד בשעת לפנות בוקר, התיישב על הכיסא והתחיל לחשוב מה עושים בני ביתו ואיך מרגישים החסידים. אנחה עמוקה יצאה מליבו. וכך הוא כותב: "אי אפשר לי בשעה זו ואינני רשאי לחשוב מחשבות הפועלות נמיכות הרוח. כאן אין מקום לעצבות ושפלות... [אותיות המחשבה]... אבא, אבא קדישא... מחוייב אני להתרגל בזה כדי שלא להיבהל ושלא לפחוד, למען אשר אוכל החזק מעמד שלא לסור ימין ושמאל, מאת אשר החלטתי לבלי לתת את גאון יעקב למרמס, וה' הוא יחזקני".